با توجه به نقش کمپلکس‌هاي پروتئيني در انجام بسياري از کارکردهاي سلولي موجودات زنده، کشف آن‌ها مي‌تواند به درک عميق‌تر سازوکار‌های تنظيمي سلول، توصيف فرآيند تکامل در سيگنال‌ها‌ي سلولي، پيش‌بيني عملکرد زيستي پروتئين‌هاي کشف‌شده و از همه مهم‌تر تحقق اهداف درماني(تشخيص بيماري و طراحي دارو) منجر شود. رویکردهای محاسباتی ارائه‌شده تاکنون به منظور تشخيص کمپلکس‌های پروتئینی، به طور عمده بر خوشه‌بندی شبکه برهم‌کنش پروتئین-پروتئین تمرکز دارند و این در حالی است که شبکه‌های برهم‌کنش، علاوه بر این که نوفه‌دار می‌باشند، به‌تنهایی، فاقد سازوکار لازم برای در نظر گرفتن ماهیت پویای سلول در فرآیند تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی می‌باشند.
در اين مقاله، مدلي سه لايه مبتني بر رويکرد خوشه‌بندی دوگانه براي تشخیص کمپلکس‌هاي پروتئيني از منابع داده‌ای مختلف ارائه شده است. لایه‌های اول، دوم و سوم مدل پیشنهادی، به ترتیب وظیفه پویاسازی، کاهش نویز و تشخیص نهایی کمپلکس‌های پروتئینی را بر عهده دارند. مجموعه ارزيابي‌های مختلف، نشان مي‌دهد که روش پيشنهادي توانسته است با استفاده از منابع داده‌اي مختلف در لایه‌های سه‌گانه، ضمن مدیریت بهتر چالش‌هاي اصلی مسئله مانند نوفه‌دار بودن منابع داده‌ای و ضرورت مدل‌سازی پویای فرآیند تشخیص به کمک داده های بیان ژن، دقت فرآيند تشخيص کمپلکس‌هاي پروتئيني را بر اساس سنجنده‌‌های مرتبط و در شرایط گوناگون، به ميزان قابل توجهی بهبود دهد.